Damon Kaito est un lycéen à l’école privé « Root Academy ». Il est sélectionné à Phi Brain pour ses incroyables capacité mentales. Un jour lui et son amie d’enfance Nonoha, découvre le « puzzle irrésolvable », caché dans des ruines près de son école. Ce puzzle se révèle être le dangereux « Puzzle du Sage » créé par la société POG. C’est alors le commencement d’une bataille de puzzle contre POG.