Lors d’une visite scolaire dans la Tour de Tokyo, Hikaru, Fuu et Umi, collĂ©giennes de quatorze ans, se retrouvent soudainement dans un monde mystĂ©rieux appelĂ© CĂ©phiro.
Ce monde de CĂ©phiro, dans lequel tout est dĂ©terminĂ© par la volontĂ©, est menacĂ© de destruction. La princesse Ămeraude, pilier du monde, a Ă©tĂ© sĂ©questrĂ©e par Zagato, et ne peut plus prier pour la paix de CĂ©phiro.
Utilisant sa magie, la princesse Ămeraude a donc appelĂ© d’un autre monde trois personnes, qui devront devenir les lĂ©gendaires Magic Knights et sauver le monde de la destruction en utilisant les EpĂ©es d’Escudo de Presea et les pouvoirs des Dieux-Runes ou demo-robot dans le manga, de gigantesques robots gĂ©ants dotĂ©s d’une vie et d’une conscience propres.